Estudiante mexicano diseña sistema bioinformático

Estudiante mexicano diseña sistema bioinformático

Ernesto Ríos Willars, estudiante del doctorado en biotecnología de la Facultad de Ciencias Químicas (FCQ) de la Universidad Autónoma de Coahuila (Uadec), diseña un sistema bioinformático para el alineamiento de grandes secuencias genéticas.

Con apoyo de los académicos de la Facultad de Sistemas, unidad Saltillo, y biotecnología de la Facultad de Ciencias Químicas de la Uadec,Ríos Willars realiza este trabajo conjunto que ayudará a estudiar genomas virales, desde el punto de vista bioinformático, y podría llevar a la generación de nuevo conocimiento que permita el desarrollo de fármacos modernos para disminuir problemas y amenazas a la salud humana.

Durante un foro, se presentó el trabajo de investigación y ahí se realizó el contacto entre el doctor Ernesto Liñán García, coordinador del cuerpo académico de Modelo de Ingeniería y Ciencias Aplicadas de la Facultad de Sistemas, y el Departamento de Biotecnología de la Facultad de Ciencias Químicas de la Uadec, a través de la doctora Yolanda Garza García, coordinadora de Investigación y Posgrado de la FCQ.

GAAPd es denominado por sus creadores como un “híbrido” entre un algoritmo genético y la programación dinámica, utilizando el operador denominado shake. GAAPd tiene como principales innovaciones enfocarse en alinear secuencias particularmente grandes y el operador shake o “cambio de escenario”, es una innovación desarrollada en este proyecto como estrategia para evitar el estancamiento del algoritmo en un óptimo local.

La unión de estos dos elementos generó un software aplicado al problema del alineamiento de secuencias genéticas del orden de los cientos de miles de pares de bases.

Para este proyecto, Ríos Willars usó lenguajes de programación de código abierto y equipo de cómputo convencional, lo que permitieron un algoritmo capaz de resolver complejos problemas de alineamiento de secuencias genéticas sin la necesidad de software y hardware especializados.

El alineamiento de secuencias genéticas es uno de los principales retos de la bioinformática, ya que suele ser uno de los pasos iniciales en estudios in silico, es decir hechos en simulación computacional. De acuerdo con información técnica del proyecto, con el resultado de un alineamiento de secuencias genéticas se explora la filogenia y se encuentran regiones conservadas entre genomas y genes de organismos. Por esto es determinante la eficiencia de los algoritmos empleados en esta área de estudio.

Con información de Conacyt

 

 

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El equipo de Alejandra Barrales

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